La estación de Aranjuez o desembarcadero de Aranjuez, estaba situada junto al Palacio Real y cercana a las quintas del duque de Valencia y del propio marqués de Salamanca.

   Tenía la misma disposición y dependencias que la de Madrid, con la salvedad de que la puerta central de entrada al andén de cabeza, era mayor para permitir el paso de un tren. Contaba con seis cambios de vía, cinco plataformas para carruajes y tres para locomotoras. Las instalaciones principales de tracción se encontraban aquí, donde la cochera tenía capacidad para ocho locomotoras. Poseía además un taller para la reparación de máquinas.

   Esta estación, como las de Pinto y Madrid, poseía un gran depósito de agua instalado a una altura conveniente para abastecer las máquinas, con una bomba de agua de tres cuerpos, que se ponía en movimiento con unas pequeñas máquinas de vapor fijas, con fuerza de cuatro caballos.

    Hacia los años ochenta hubo algunos proyectos para construir una nueva estación pero por problemas burocráticos se paralizó la reforma. En 1908 se instaló, de manera provisional, un mecanismo junto a la vía del triángulo para facilitar el servicio de expresos que funcionaban desde 1900.

   En 1915 resurge el proyecto de edificar una nueva estación para Aranjuez, sin embargo las obras no llegan hasta el año 1923. En este año y con cargo a la Caja Ferroviaria se levanta un edificio de nueva planta. Esta nueva estación, que cambió de emplazamiento y que hoy continua en servicio, es un edificio de lujo de estilo Neomudéjar, realizado en fábrica de ladrillo con doble planta y destaca su imponente vestíbulo de alto techo con un bello artesonado luminoso del que cuelgan cinco lámparas anulares de hierro forjado.

    Durante la Guerra Civil el ejército republicano habilitó en la estación un Taller de Trenes Blindados. Tras la guerra, la estación, como otras muchas presentaba un estado lamentable y hubo de hacer arreglos en la mayoría de las instalaciones.En 1989-90, con motivo de las obras de remozamiento efectuadas, quedaron al descubierto en el paso inferior de los andenes una serie de azulejos, salidos del taller cerámico de Marigliano (Madrid), que alicataron el referido pasadizo...de entonación Talavera, posee las siglas entrelazadas de MZA."

    Según se refleja en la "Memoria de la nueva estación de viajeros y estación de clasificación y de mercancías de Aranjuez" de 6 de marzo de 1926, se realizaron dos proyectos de reforma y ampliación, uno, el de vías de clasificación y transbordo y nuevo recorrido, y otro el de nuevas instalaciones de mercancías, aprobados por la 3ª División el 5 de septiembre de 1922 y 4 de julio de 1923, respectivamente, en cuya liquidación parte de las obras ejecutadas fueron realizadas por la propia compañía MZA por gestión directa por un valor de 1.098.553,57 ptas. y parte por concurso adjudicadas al contratista Fernando Pedroso, por R.O. de 12 de noviembre de 1926, por un valor líquido de 80.059,78 ptas.

   Tras la inauguración de este nuevo edificio y hasta ahora, la estación alberga cada día los trenes cercanías y cada fin de semana de mayo a septiembre la máquina de vapor de El tren de la Fresa.