El Cortijo de San Isidro lo componen varias dependencias y un vasto terreno de cultivo creado en época de Carlos III como modelo de explotación agrícola. El rey intentaba combinar la política agraria de la ilustración, con el afán de la época de acercamiento a la naturaleza. Así encargo a sus ministros, Grimaldi y Floridablanca, un Real Cortijo con algo mas de 530 fanegas de tierra  donde poder experimentar y explotar agrícolamente el terreno.

  De este Real Cortijo subsiste los edificios principales, la casa Grande, la Bodega, la cueva y la capilla. El conjunto tal vez trazado por Marquet, en una primera intervención, fue levantado por Manuel Serrano, en la década 1770, a quien le sucedió Manuel Oliva.

  Carlos III como gobernante ilustrado realzo reformas para llevar a estas estancias rusticas el ordenamiento y belleza de un jardín y un cenador. Sin embargo, aunque se conservan los planos, nunca llego a hacerse, pues sobrevino la muerte del rey y su sucesor Carlos IV, no participaba de su interés por las posesiones agrarias.

   La Iglesia que domina la obra estaba dedicada a San Isidro y fue consagrada en 1789. Se construyo a causa de la estrechez que sufría los gañanes, empleados y peones que acudían al oratorio del Cortijo:     ” Con este motivo se mando fabricar una ermita en medio de la casa y la bodega, con advocación a San Isidro Labrador, Patrón de Madrid, de sólida fabrica y una nave con su cúpula y frontispicio de orden dorio, donde todos los años se celebra la conmemoración del Santo día 15 de mayo, asistiendo el cura y capellanes de Alpajes, dice Álvaro de Quindos ".

   Según los contemporáneos, era esta explotación un establecimiento magnifico aunque poco recomendable, tanto que, hacia 1795, se le cede a Godoy a cambio de posesiones de la Florida, en Madrid.

   Tres años mas tarde volvió  de nuevo a trocar esta posesión por las  de la Albufera, en Valencia.

   A pesar de su corta a stancia, el nombre de Casa Godoy perdurara en el lugar

    A nuestros días ha llegado al Cortijo con numerosas modificaciones pues paso sucesivamente de un arrendamiento a otro con ampliaciones de terreno y, finalmente,  enajenador a bienes de la Corona en 1870 con la I Republica.

   Cambio de manos hasta que, tras la guerra, fue adquirido por el instituto Nacional de colonización.

   Desapareciendo en esos años 40 las tapias, los corrales, los molinos y el lagar, construyendo dentro del perímetro del Cortijo un poblado de colonización con su arquitectura característica.Al igual que el Cortijo de San Isidro otros establecimientos de carácter agropecuario se establecieron en Aranjuez como propiedades reales. Por una parte, dedicadas a la explotación agrícola propiamente dicha al igual que el Cortijo como Casa de vacas o finca el Deleite. Por otra parte, dedicadas a la cría caballar, como las casa de Sotomayor, Villamejor, y la Flamenca.